G.I. Joe特别行动部队必须应对COBRA的威胁，后者在一次针对特殊广播卫星的成功袭击后，现在正利用一种名为MASS装置的革命性设备威胁世界。该装置不仅能够实现普通意义上的传送，还能将全球范围内任何目标瞬间“抹除”。G.I. Joe找到了该装置的原始设计师，他建议唯一能对抗这种武器的方法就是建造一个属于他们自己的MASS装置。然而，要完成这一任务，需要三种稀有的催化元素来为装置提供动力。现在，团队必须在全球范围内寻找这些关键材料，同时与同样急需这些元素的COBRA展开激烈争夺。