一名日本秘密特工在女友因飞机失事丧生后，继续为一个名为“寻觅”（Seek）的秘密组织担任精英刺客，同时悲痛欲绝。 京平·相泽，一位效力于日本秘密非政府间谍组织“SEEK”的刺客，正沉浸在失去女友的悲痛之中。女友在一场空难中丧生。此时，“SEEK”的领导人三云亮联系他，委托他执行一项紧急任务：营救一名同事，找回一种名为“RDX®”的新型高爆炸性液体，并阻止残暴的黑道头目小月惣治郎及其团伙控制日本。虽然人们一度认为忍者已经消失……但新一代的刺客依然存在，守护着日本和一切正义；忍者即将回归。